При разработке стратегии инновационного развития регионов трудно принять обоснованные решения из-за недостаточной проработанности комплексной методологической базы и инструментальной среды поддержки принятия стратегических решений в условиях неопределённости среды. Первый аспект этой проблемы – неопределённость, неполнота информации, слабая структурированность задачи, что требует применения экспертных методов принятия решений. Второй аспект проблемы – отсутствие комплексного взаимосвязанного математического и программного обеспечения для задач стратегического управления на всех его этапах (2). Третий аспект – сложная организация региональной инновационной системы (РИС), содержащей множество разнородных по своей природе и функциям элементов. А каждый из них влияет как на работу других элементов РИС, так и на общее инновационное развитие региона. На сегодняшний день сформулированные проблемы методологического обеспечения стратегического планирования региональной инновационной системы не решены. Поэтому важно разработать методы стратегического планирования инновационного развития региона; нужны модели развития инновационной инфраструктуры региона, оценки и прогнозирования результатов инновационной политики, отличительной особенностью которых является обеспечение согласованности и координации действий всех субъектов инновационной деятельности.
