Компенсация отпуска

Горе это не ваше, это горе РФ и в частности ТК РФ.
Доказать правоту вашему бухгалтеру будет трудно - так как ваш бухгалтер пользуется нормативными актами 1930 года (именно в них говорится про половину месяца в большую и меньшую сторону, в наше дни все комментаторы ТК поголовно цитируют эти нормы).
Единственным (на мой взгляд) правильным подходом будет расчет компенсации отпуска максимально точно (по дням, с применением общих правил округления). Аргумент может быть только один (к сожалению не очень весомый) - конституция РФ в которой сказано что все мы равны. А если вы возьмете двух работников первый из которых отработали 10 месяцев 14 дней, а второй 10 месяцев и 16 дней - то с точки зрения вашего бухгалтера один получит компенсацию за 10 месяцев , а другой за 11. Разве это справедливо?
Где-то я встречал обращение обиженного работника в КС РФ, но по моему "ясности" в этом вопросе больше не стало....
В вашем случае я бы так считал: 28 дней / 365 дней * 25 дней = 1,91 (округляем до 2 по школьным правилам).
Один из агрументов почему нужно округлять до дней - ст. 127 "При увольнении работнику выплачивается денежная компенсация за все неиспользованные отпуска." а так же статья 120 "Продолжительность ежегодных основного и дополнительных оплачиваемых отпусков работников исчисляется в календарных днях".
Хотя некоторые бухгалтера количество дней компенсации не округляют (средне дневной заработок умножают на 1,91).

Женя, есть более изящный вариант - увольте их, выплатите им компенсацию и примите снова на работу.

Женя, есть еще более изящный вариант - переоформите трудовые договора на гражданские (с рководителями и учредителями это позволительно). Тогда проблемы с трудовыми книжками и отпусками вообще  исчезнут.

Есть второй вариант но корявый - в табеле проводить им отпуск несмотря что они были на работе, трудовой договор дополнить пунктом что к отпуску они получают среднюю зарплату дополнительно (или контрактную сумму).
Если по работе они подписывают какие-то бумаги и принимают ответсвенные решения, то для легализации полномочий "во время отпуска" опять таки надо оформлять либо совместительство либо заключать договора ГПХ.