Увольнение по выходу из отпуска

Если "трудовой" - это ежегодный основной оплачиваемый отпуск продолжительностью 28 кал.дн. ( либо больше) - то уволить вы его должны :
1.датой , указанной в заявлении
2.через 2 недели с момента подачи заявления
Увольнение другой датой (какой-либо) - под увольнение по  собственному желанию уже не подходит.
Если сотрудник отпуск отгулял авансом, то нужно рассчитать сколько он перегулял в днях и бухгалтеру удержать соответствующую сумму.
Если нужна помощь в расчете , то напишите подробно : период работы, продолжит.отпуска( основной + дополнит. если есть), сколько отпусков отгуляно и когда.

Было бы целесообразнее, если бы вы все таки указали периоды... А то непонятно ...

Согласно статье 121 ТК РФ в стаж работы, дающий право на ежегодный оплачиваемый отпуск, включаются помимо времени фактической работы, время, когда работник не работал, но за ним в соответствии с трудовым законодательством сохранялось место работы (должность), в том числе время ежегодного оплачиваемого отпуска, нерабочие праздничные дни, выходные дни и другие предоставляемые работнику дни отпуска.
Соответственно, Вы должны выплатить ему компенсацию за неиспользованный отпуск по дату увольнения.