Как быть?

R2D2, про ИФНС 46 я ничего Вам не скажу, а вот про порядок увольнения:
Если Вы хотите уволиться по собственному желанию до истечения Вашего ТД, то Вы обязаны письменно уведомить Ваш Совет учредителей (или как он у Вас называется) не позднее чем за 1 месяц (статья 280 ТК РФ). Заявление лучше зарегистрируйте у секретаря или в отделе кадров центрального офиса (т.е. там где находится учредитель ООО). 1 копию оставляете себе с регистрационной отметкой. По истечении данного срока, Вы прекращаете работу (даже если Совет не принял решение о прекращении Ваших полномочий) и требуете выплату всех денег и выдачу трудовой книжки. Это общий порядок увольнении генерального директора. В подтверждении моих слов на этом сайте представляю тему 2005 года:
http://www.dis.ru/forum/index.php?topic=4063.0, в которой некий КОТ очень точно выразился
И еще, при возникновении проблем с увольнением, не забывайте, что существуют юристы (у которых можно подробнее проконсультироваться), ГИТ (которая действует по заявлению обиженного работника) и собственно суд (высшая инстанция в трудовых нарушениях).