Екатерина, вариант зависит от Вас:
1. Составляйте акт на каждого о прогуле и увольняйте по ст.81 части первой пункт 6а ТК РФ. Только надо как минимум три письма написать прогульщику. Первое с вопросом где он и что с ним (с просьбой явиться в отдел кадров), второе с предупреждением о гразящем увольнении по статье и третье об уже случившемся факте увольнения с просьбой забрать трудовую книжку. Все письма с уведомлением и кратким описанием темы (на случай если будет утверждать что в конвертах были пустые листки)
2. Ищите каждого и просите написать заявление по собственному с соответствующей записью в трудовой.