упрощенка 6%: уйма вопросов!

Welkome!!! Не знаю правильно или нет, но добро пожаловать в ряды бухгалтеров.

Начнем по-порядку:
Зарплату можно начислить легко и непринужденно в Exel, данная программа есть у всех.
В части выдачи можно оформить расходный кассовый ордер на выдачу зарплаты, а потом заключить договор займа с сотрудником и оприходовать эти же деньги по приходному кассовому ордеру. Совсем не выдавать не рекомендую.
Так как у Вас упрощенка, то отчисления у Вас будут только в ПФ и ФСС (п2. 346.11 НК РФ от ЕСН вас освобождает).
ПФ в размере 14% (из них 8% страховая, 6% накопительная /п.п.1 п.2 ст. 22 ФЗ №167-ФЗ от 15.12.01/)
ФСС страхование от несчастных случаев обычно 0,2% (уточните ставку в фонде соцстрахования в своем городе)
Обязательными документами для вас являются:
Книга доходов и расходов (ст. 346.24 НК РФ)
Кассовая книга (п.4 ст. 346.11НК РФ)
+ учет основных средств (п.3 ст.4 ФЗ №129-ФЗ от 21.11.96 "О бухучете")
Кроме номеров платежек можно в книге доходов указывать наименование покупателя, перечислевшего вам деньги
Кассовая книга исключительно по форме №КО-4 (Постанов.от 18.08.98 №88
Деньги можете снимать как хотите и тратиь как хотите - вы платите 6% от дохода, следовательно ваш расход никого интересовать не должен. Не забывайте только при снятии и выдаче наличных денег офомлять приходные и расходные кассовые ордера.
Кстати, хоть вы это и не спрашивали: при выплате доходов учредителям не забудьте удержать и перечислить в бюджет НДФЛ с данных выплат (п.2 ст. 214 НК РФ) 

Желаю удачи!!!

Смотрите также налогоплательщик, УСН и ЕНВД — Спецрежимы для предпринимателя  (Налоговодhex)