Если Вы выставили счет-фактуру с НДС, то покупатель со своей стороны предъявляет эту сумму к вычету, следовательно Вы сами уплачиваете НДС в бюджет. И никакого "одного раза" быть не может
При УСНО 6 % Выручкой признается любые доходы отреализации + внереализационные доходы, вне зависимости на что они тратятся, а, вообще, советую почитать главу 26.2 НК РФ.