Договор подряда не заключен.
Обоснование: Согласно п. 1 ст. 432 ГК РФ договор считается заключенным, если между сторонами, в требуемой в подлежащих случаях форме, достигнуто соглашение по всем его существенным условиям. Существенными являются условия о предмете договора, условия, которые названы в законе или иных правовых актах как существенные или необходимые для договоров данного вида, а также все те условия, относительно которых по заявлению одной из сторон должно быть достигнуто соглашение.
Пунктом 2 ст. 432 ГК РФ установлено, что договор заключается посредством направления оферты одной из сторон и ее акцепта другой.
Офертой признается адресованное одному или нескольким конкретным лицам предложение, которое достаточно определенно и выражает намерение лица, сделавшего предложение, считать себя заключившим договор с адресатом, которым будет принято предложение. Оферта должна содержать существенные условия договора (п. 1 ст. 435 ГК РФ).
Таким образом, проект договора может являться офертой, если позволяет со всей очевидностью определить лицо, от которого он исходит, и лицо, которому адресован. Более того, названный проект договора должен содержать все существенные условия договора подряда (условие о предмете договора (п. 1 ст. 432 ГК РФ), о сроках начала и окончания выполнения работ (ст. 708 ГК РФ)).
В соответствии с п. 1 ст. 433 ГК РФ договор признается заключенным в момент получения лицом, направившим оферту, ее акцепта.
Акцепт - ответ лица, которому адресована оферта, - должен быть полным и безоговорочным (п. 1 ст. 438 ГК РФ).
Совершение лицом, получившим оферту, в срок, установленный для ее акцепта, действий по выполнению указанных в ней условий договора считается акцептом, если иное не предусмотрено законом, иными правовыми актами или не указано в оферте (п. 3 ст. 438 ГК РФ).
Следовательно, частичная оплата заказчиком работ, предусмотренных проектом договора, является акцептом оферты, направленной подрядчиком.
Вместе с тем в силу ст. 443 ГК РФ ответ о согласии заключить договор на иных условиях, чем предложено в оферте, не является акцептом. Такой ответ признается отказом от акцепта и в то же время новой офертой.
Таким образом, направление заказчиком в адрес подрядчика протокола разногласий вне зависимости от факта произведения частичной оплаты работ по договору по своей сути является направлением в адрес подрядчика ответа с указанием новых условий договора в части положений о порядке расчета неустойки за несвоевременную оплату.