трудовая книжка

Дополняю свой предыдущий пост.
Про исполнение обязанностей надо отметить, что быть И.О. можно только в течение одного месяца за календарный год (ст. 74 ТК РФ). Поэтому исполнять обязанности главного бухгалтера в течение 2-3 лет нельзя.
В вашем случае нужно оформить с дамой, замещавшей главного бухгалтера, дополнительное соглашение к ТД, в котором оговорить перевод ее на должность главного бухгалтера и указать срок, в течение которого она будет эту должность занимать. На основании этого доп соглашения вы делаете приказ о ее переводе на должность главного бухгалтера и делаетет соответствующую запись в трудовой. Видимо, вся документация у вас пойдет "задним числом" - будьте внимательны.
После того, как главный бухгалтер вышел из отпуска по уходу за ребенком, вы делаете новый приказ, о переводе сотрудницы в старую должность (только укажите, в связи с чем) и снова делаете запись в трудовой.