компенсация за обучение за счёт работодателя

Трудовой договор заключается только один раз - при приеме на работу. В случае изменения условий договора составляется дополнительное соглашение.
Вы сами себе противоречите...
"а потом со мной был заключён новый трудовой договор,"
Если ситуация такая, что вы в 2001 году работали, обучились за счет средств Работодателя, потом уволились (с записью в трудовую книжку), а потом снова принялись на работу к этому же Работодателю, и уже за этот период вы НЕ обучались, вот тогда при увольнении по с/ж с вас ничего не смогут удержать.