Сверхурочные в табеле учета рабочего времени

"...ввели компенсацию за переработки (по двойной ставке за час)...."
Первые два часа работы не менее чем в полуторном размере,
за последующие часы - не менее чем в двойном размере (см. статью 152 ТК РФ).

".....и за ночные смены...."
Общепринятая практика - доплата до 40 % тарифной ставки за ночные часы.

"Дело в том, что таких переработок много у всех категорий сотрудников, и у тех, кто на окладе, и у тех, кто работает с почасовой оплатой."
Работники с должностным месячным окладом и с сорокачасовой
5-тидневной рабочей неделей - никаких сверхурочных. Устанавливайте доп. отпуска за ненормированный рабочий день.
Всех работников на сменном режиме работы переводите на суммированный учет рабочего времени, учетный период определяйте сами. По окончанию учетного периода
смотрите кто отработал часов больше чем по производственному календарю - оплачиваете переработку (или по согласованию с работником предоставляете доп. день отдыха).

"Как сверхурочные часы отражаются в табеле учета рабочего времени? Куда их там записывать?"
В табеле отражаются все отработанные работником часы. Как правило, это не касается ИТР и руководства у которых ненормированный раб. день (просто ставится 8).

Что такое НПА? Правовой акт?
Какого-либо единого нормативного акта в российском законодательстве нет. В рекомендательном порядке советую посмотреть постановление Совета Министров СССР и ВЦСПС от 12 февраля 1987 г. (СП СССР. 1987. № 14. Ст. 55). Оно установило доплату за каждый час работы в ночное время в размере 40% часовой тарифной ставки (оклада).

ст. 154 ТК РФ:
"Конкретные размеры повышения оплаты труда за работу в ночное время устанавливаются коллективным договором, локальным нормативным актом, принимаемым с учетом мнения представительного органа работников, трудовым договором."