ситуациz, когда контроль работы отрицательно повлиял на поведение сотрудников.

А каким образом Вы считаете нужно контролировать процесс.
Законодательством и нормативными правовыми актами страны определены сроки  - хорошо, а если нигде не определено и примает решение руководитель? А как же качество предоставляемых услуг?
Контрольные карточки нужны и в обязательном порядке.
И если нарушаются сроки, такого исполнителя необходимо наказать, чтобы небыло повадно другим.

Возможно контроль был организован слишком прямолинейно, к тому же работникам не объяснили его цели и технологию, отсюда такой результат...
Вообще у меня как бывшего менеджера (с 10-летним стажем работы) мнение таково: если для каждого работника с самого начала четко определено, что он делает, когда должен сделать, в каком виде должен представить и кто это контролирует, - проблем возникнуть не должно!!! Для этих целей имеются должностные инструкции, а для отдельных проектов - четкое и однозначное описание обязанностей каждого работника сверху донизу...